以下為電視放映和劇場版"暗黑王子"中間的空隙時間
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遊戲 "3年的空白"
2198年3月 蜥蜴戰爭休戰
撫子號、尼路加和木連三方在火星的遺跡爭奪戰，在撫子號用玻色子跳躍把遺跡中心系統帶走後，戰事暫告一段落。此戰後世稱為「蜥蜴戰爭」。
2198年3月 拘留生活
為防止玻色子跳躍秘密外洩，撫子號成員暫時在連合軍的監視下生活，此時明人回到雪谷食堂再繼續其料理修行，並和百合香的關係急速進展。
2198年5月 熱血政變
木連方面，一些年輕的穩健派得悉了白鳥九十九被害的真相後，向以草壁春樹為中心的好戰派當權者發動政變。結果草壁不知所蹤，木連政權落入
以秋山源八郎為首的穩健派手中，而另一位在政變時助秋山一臂之力的月臣元一郎在政變後亦不知所蹤。
2198年9月 琉璃所向
木連在政變後和地球連合軍簽定了「休戰條約」，而撫子號成員的拘留亦結束了。此時，無依無靠的琉璃去向未定，百合香和遙都想取得她的撫養權，
結果觀察員提出了江戶時代的「大岡裁決」方法，「你們就把琉璃分開兩邊一人一半吧！」百合香和遙每人抓住琉璃的一隻手向兩邊拉，結果在琉璃的
痛叫下遙先放開手。若根據大岡裁決的故事應判遙得勝，可是觀察員卻說：「至最後也不肯放手，可見艦長對琉璃所愛之深。」而判百合香得勝。其實
因為百合香家境較富有，所以觀察員心中早已決定要讓百合香收養琉璃。此後，眾人各散東西，明人在拉麵屋做主廚，而百合香雖回到軍中，但每晚都到
明人店中幫手，「拉麵師傅和千金小姐之戀」被鄰人視為佳話。
2199年1月 四疊半生活
但二人的交往卻被百合香之父光一郎強烈反對，百合香找葵純商量，雖對百合香有情意，但純到最後仍禁不住答應百合香協助他和明人的事，雖然事後他
不禁罵自己真是個笨蛋。結果御統父女在多番爭執下，盛怒的百合香帶同琉璃一起離家出走，在純的幫助下，百合香的大批私人物品都運到明人的住處中，
此一房間是由瓜?的叔父所租借，而每天明人他們不是被瓜?「偷窺」、就是因舊撫子號成員的來訪而忙個不停。從此，開始了三人的同居生活，每天都十
分快樂，而琉璃亦幫助明人工作，這時期是她一生中首次嘗到「家庭」的滋味。
2199年2月 拉麵決勝
但明人心想如此的同居生活終不可永遠如此下去，因而鼓起勇氣向百合香求婚。聽了他的求婚後狂喜的百合香再全力向其父親游說，終於光一郎說：「如果
他的拉麵真的連我也覺得好吃，那便批准你吧！」結果「決戰之日」，明人弄了一客東京風味醬油拉麵，並沒加任何花巧，純粹以麵和湯料決勝負。光一郎吃
了一口又一口：「這...這麵....」百合香擔心地問：「怎...怎樣了？」光一郎大叫：「好吃、好吃、太好吃了~~！」從此，二人的路上再無障礙。
2199年3月 新地球連合
由反尼路加勢力所倡導，在地球連合中加入木連方面的代表，組成「新地球連合」，而往昔連合宇宙軍亦被收編改組為統合軍 (地球連合統合平和維持軍)，
尼路加勢力減退，會長赤月永亦不知所蹤。新地球連合成立後便立刻著手一個大型計劃，那便是以在太陽系建立宇宙航路為目標的「葫蘆計劃」。
2199年6月 明人和百合香結婚
二人的婚禮中，有衷心高興的人、有悲傷的人、也有羨慕的人。看到這一切的琉璃心想：「大人們真是有很多各種各樣的煩惱呢！」
2199年6月19日 穿梭機意外
明人和百合香乘太空梭做新婚旅行，卻在起飛不久後發生爆炸，所有人都以為二人都已身亡。其實二人都被「火星的後繼者」擄去了。不久後赤月發現接連發
生了多個A級跳躍者被擄事件，為了保護同為A級跳躍者的伊莉斯免遭毒手，因而對外謊稱她已在一次飛行意外中死去。
2199年8月 研究所奇襲
明人在火星後繼者的研究室中，其身體被利用作玻色子跳躍的實驗，結果被弄至視覺、味覺等五感失去大半功用。為調查反尼路加勢力而成立、由歌特領導的
秘密行動組察知此事，而突襲研究所，前木連軍的月臣元一郎亦是此行動組成員，並以木連柔道大顯神威，救出了明人，但百合香仍被北辰挾持擄去。為救愛妻
，明人在月臣指導下進行機動兵器的特訓。同時，因明人夫婦身亡事件而大受打擊的琉璃，失去了工作情緒，暫和遙、白鳥雪奈等同住過著悠閒生活。
2200年7月 拉比斯救出
明人拒絕成為尼路加的一員，他們現在的關係是：由尼路加提供火星的後繼者的情報，而明人則助他們偷取火星後繼者的玻色子跳躍研究的資料。當然，明人的
真正目的還是要調查出百合香的去向。尼路加的會長赤月把戰鬥機械人「黑百合」給予明人使用，並由秘書艾莉娜擔任雙方聯絡人。在一次調查行動中，明人救出
了實驗體拉比斯。她原為尼路加所培育的有類似琉璃般能力的少女，卻在年前被擄去。從此，拉比斯和明人一起行動，輔助五官機能大減的明人。
2200年7月 琉璃和高杉的初會
因為察知擁有不凡能力的琉璃可能成為敵人目標，秋山源八郎派遣部下高杉三郎太做琉璃的保標。而在像守護公主的騎士般的高杉的影響下，因明人事件而消沉的
琉璃終於振作起來。她下決心重返宇宙軍，再和電腦「思兼」一起。
2200年8月 重回宇宙軍
琉璃回到宇宙軍，高杉也加入了。這時珫璃和哈利(玻璃)初會面。他是尼路加為培養出能力比珫璃更強的操縱者的計劃下的成品。初見面後，二人也對對方留有好感，
珫璃更在寫給遙的信中說：「我剛剛有了一個弟弟了...」
2200年12月 撫子號B啟航
以琉璃為艦長，高杉為副艦長、哈利為副艦長輔助而成立了新戰艦「NadesicoB」，她們在各殖民星間巡邏，並調查「一人一戰艦計劃」的資料。依次解決了幾個事件
的撫子B聲名漸噪，琉璃更被形容為「史上最年輕的天才美少女艦長」。
然後，2201年7月31日
殖民星「白雪公主」被襲，劇場版故事開始....
